Lo he encontrado de casualidad, seguramente mucho ya la conozcáis:

http://www.siteliner.com/

En la barra lateral izquierda te dice entre otras herramientas, el contenido cuplicado que tengas en tu web...

El inconveniente que tiene es que está limitado al escaner de 250 páginas de tu web..a partir de ahí tienes que pagar, pero ya merece la pena comprobar si tu web tiene contenido duplicado.
Lo mejor es que te dice el porcentaje por páginas.
Puedes descargarte el reporte o ir a la pagina concreta donde te señala lo que está duplicado y en la barra lateral derecha las páginas que tienen el contenido duplicado, para que puedas ir a ellas y modificar lo necesario.
Lo tiene señalado por colores.EL gris se refiere al "contenido común" - elementos como menús de navegación o frases que suelen aparecer en la mayoría o la totalidad de las páginas

A mi me ha servido.

¿Sabéis alguna otra herramienta que permita escanear la web entera?

Esta herramienta solo te da el contenido duplicado dentro de tu web, no? O también busca en otros sites si hay algún plagio?

Sólo el de tu web