En principio un nofollow no debería afectarte
Los No Follow se toman en cuenta, hace ya años. Ahora bien, no tienen el mismo peso específico que los Do Follow, por razones obvias. Desde luego, que el 99% de un perfil de enlaces de una web esté compuesto por enlaces No Follow es ciertamente sospechoso. En todo caso, si como te comentan los compañeros, es el típico enlace desde comentarios que se replica en diferentes páginas de un mismo dominio, no tiene mayor importancia ya que los buscadores saben discriminarlos.
Los mensajes nofollow aportan poco valor a tu web.
no creo que tenga mucha importancia
Bajo mi opinión siempre dependerá del caso, no es lo mismo que sean backlinks nofollow en sitios basura que en ese caso obviamente preocúpate a que tengas los nofollow en sitios de calidad que entonces obviamente no te afectarán tan positivamente como los dofollow pero tampoco creo que te vayan a afectar negativamente.
Que yo tenga entendido lo recomendable es que haya un equilibrio entre dofollow y nofollow, si los tuyos son el 99% nofollow si es un poco preocupante porque te van a penalizar
Los enlaces nofollow no son un factor para determinar el ranking de un página web. Pero hay excepciones: si en los blogs dejas muchos comentarios con tu link y te conviertes en algo molesto para los lectores entonces te pueden denunciar como "spammer" y en ese caso si afectará tu ranking en los resultados de búsuqueda. Te comparto un vínculo de Matt Cutts, ingeniero de Google
https://goo.gl/tRnuhL
Por un lado los nofollow quizás puedan quedar muy enlaces basura, muy típicos enlaces spam que suelen ser la mayoría nofollow, pero claro también dependerá de donde provengan esos enlaces y la calidad de los sitios.